古事の記述によれば、三種の神器は、登場する時期と次元がそれぞれ異なるのがわかります。八尺瓊勾玉は神代七代から高天原に至る次元、言い換えると、別天津神から天津神に移行する段階の次元、そして八尺鏡は天津神の次元、草那芸剣は国津神の次元になります。
この三種の神器が揃うことで、神代七代から国津神までの全ての神々に通ずることができるわけです。
古神道では、この三種の神器は「鎮魂の器械」であると考えられています。
古神道の修行法としての「鎮魂」は、自らの一霊四魂の一部を自分から離脱させ神と合一させる技法のことですが、それは自分の一霊四魂の浄化（祓い）と霊力の向上をもたらします。ただ実際やってみますと、その難易度は極めて高く、一般の方ですと特別な神意によるか、或いは余程の素質がないと大成できません。
宮中では毎年、新嘗祭の前日に鎮魂祭という祭祀を行います。それは新嘗祭や大嘗祭という重大な祭祀に臨む天皇の霊力を人間の到達できる極みにまで高めるのが目的だと思われます。
天皇は古代から最も位の高い祭主として、国家の祭祀において中心的な役割を担っていました。神々に祈りを捧げるに際し、神の領域に通ずることができるよう事前に準備を整えるべく、三種の神器の力を借りながら鎮魂祭を行ったものと思われます。